Cependant, la mise en œuvre du MDP soulève des questions complexes qui peuvent être d’ordre légal, financier et technique. Or, la plupart des pays en voie de développement ont des capacités institutionnelles limitées qui les empêchent d’adopter une approche proactive pour participer à part entière au processus. Pour cette raison, plusieurs projets sont initiés par les bailleurs de fonds pour leur permettre d’acquérir les connaissances nécessaires pour mieux comprendre les opportunités offertes par le MDP.

Enda est souvent sollicitée en tant que Centre Régional pour accompagner les pays d’Afrique Subsaharienne dans l’établissement de leur Autorité Nationale Désignée (DNA) d’une part, et dans le développement d’un « pipeline » de projets MDP, d’autre part.

A ce titre, Enda est déjà intervenue et continue également d’être impliquée dans plusieurs projets de renforcement de capacité en MDP parmi lesquels on peut citer :
- Le «CDM SUSAC : Start-up CDM in ACP Countries» financé par la Direction du Développment Général de la Commission Européenne et le Royaume Uni et coordonné par l’IER (Institute for Energy Economics and the Rational Use of Energy) de l’Université de Stuttgart et en partenariat avec ESD (Energy For Sustainable Development) en Grande Bretagne, Enda au Sénégal et CEEZ (Centre for Energy, the Environment and Economics in Zambia) en Zambie.
- Le CD4CDM ( Capacity Development For CDM) mise en œuvre par le PNUE (Programme des Nations Unies pour l’Environnement), avec le financement du gouvernement Danois. Ce projet est implanté dans plusieurs pays dont Côte d’Ivoire, Mozambique et Ouganda en Afrique Subsaharienne. Pour plus d’informations voir le site http://www.cd4cdm.org/
- Le projet « Utilisation du Mécanisme de Développement Propre pour promouvoir des services Energétiques Durables en Afrique » réalisé conjointement par le Centre Risoe du PNUE, le Fonds Carbone de Développement Communautaire de la Banque Mondiale et le PNUE, Division Technologie, Industrie et Economie, avec Enda comme centre régional. Il est développé dans plusieurs pays dont le Mali où Enda a intervenu en collaboration d’Ecoenergy de Washington et de MalifolkCenter du Mali.